O BitLocker é somente Windows / NTFS, portanto, você não pode criptografar uma instalação do Ubuntu com ele.
Se o Linux não for o seu sistema operacional principal e você for novo nele, recomendo que você adote a abordagem mais fácil instalando-o como uma VM com o VirtualBox instalado no Windows. Isso permite que você use o Linux e o Windows simultaneamente e não se preocupe com a criptografia (é tudo o BitLocker). Não há risco de tornar sua máquina não inicializável, excluir acidentalmente dados, etc., também. Eu recomendo isso se você nunca instalou o Linux antes. Existem inúmeros tutoriais para isso se você pesquisar.
Outra opção, que não me exploro muito, é usar o novo Windows Subsystem for Linux .
Dito isto, se uma VM não for sua xícara de chá e você realmente quiser uma inicialização dupla com instalação Linux criptografada, eu a manteria simples. Felizmente você tem dois discos. Eu recomendaria deixar seu SSD com o Windows sozinho. Você pode até mesmo desligá-lo enquanto instala o Ubuntu. Instale o Ubuntu / GRUB em uma partição no seu 1TB. Você pode inicializar o Live USB, ir instalar e escolher apenas criptografar todo o seu 1TB como em esta imagem . Se você não pode perder dados em seu 1TB e quer uma partição para a instalação, você tem que fazer o material criptografar-se seguindo um guia como este ou este . Após a instalação, você pode escolher qual unidade inicializar no BIOS.
Eu recomendaria ficar com a versão LTS do Ubuntu, já que é mais suportada por tudo. Esse é o Ubuntu 16.04.3 no momento.