Minha recomendação seria instalar o & amp; use o Ffmpeg não o WinFF.
sudo apt-get install ffmpeg
Quando o Ffmpeg estiver instalado, abra o Terminal e cole o comando:
ffmpeg -i input.mov -sameq output.mp4
Em que input.mov & amp; output.mp4 Altere os nomes dos arquivos de acordo.
Esse comando codifica o vídeo em um formato .mp4 , mas mantém a mesma qualidade do original.