Na partição efi, existe o gerenciador de inicialização efi no diretório / EFI / boot, e em um sistema x64 o arquivo bootx64.efi é carregado, em um sistema x86 o arquivo bootia32.efi é iniciado. Nenhum endereço de setor ou similar é necessário, porque o EFI entende o sistema de arquivos (FAT32).
O Windows armazena sua configuração de inicialização no diretório / Microsoft / Boot /, ou seja, no arquivo BCD (que é uma seção de registro com as configurações de inicialização) e vários arquivos de idioma nos respectivos subdiretórios.
O arquivo BCD armazena entradas para o carregador de boot e endereça as partições (pelo menos nos sistemas GPT) por meio de seu ID exclusivo. Então, simplesmente copiar um determinado BCD para outro disco não funcionará, já que os IDs exclusivos não coincidem e o Windows parará de iniciar com o erro 0xC0000255.
Você pode usar uma ferramenta como o bcdedit para corrigir isso, ou o editor Visual BCD.