Infelizmente, isso parece ser um problema de driver com o joystick. O Windows não o reconhece como um botão e, portanto, o AHK também não o reconhece. Pode haver maneiras de contornar isso, mas sem saber exatamente o que o Windows faz acha que o botão é, estamos no escuro.
O melhor que posso propor é usar um dos muitos scripts do AHK que gravam e reproduzem a última tecla pressionada (comece aqui link ).
Com um desses scripts, pode ser possível alternar esses botões e fazer com que o AHK repasse o que acha que é a chave, após o qual você pode vinculá-lo conforme desejado.