Acho que o Spotlight não indexa arquivos ou diretórios cujo nome começa com um ponto final ou, pelo menos, não são mostrados por mdfind
.
Não encontrei nenhuma documentação sobre isso, mas, por exemplo, mdfind kMDItemFSName=.bash_history
também não encontrou ~/.bash_history
. Se você executar sudo opensnoop
em um shell e mkdir .a;touch .a/{1..1000};mdimport .a
em outro shell, verá que os arquivos em .a
não serão abertos, mas se você executar mkdir a;touch a/{1..1000};mdimport a
, os arquivos em a
serão abertos.