Há um parâmetro adicional default-sort-in-reverse-order
que parece não estar acessível no menu de preferências do aplicativo, mas pode ser definido no banco de dados do dconf - eu acho que você deseja.
Existe uma interface gráfica que permite modificar essas configurações ocultas - não é instalado por padrão, mas disponível instalando o pacote dconf-tools. Alternativamente, você pode configurá-lo a partir da linha de comando usando gsettings
$ gsettings set org.gnome.nautilus.preferences default-sort-in-reverse-order true
Se o pacote dconf-tools estiver instalado, existe uma linha de comando dconf equivalente
$ dconf write /org/gnome/nautilus/preferences/default-sort-in-reverse-order
Você pode reverter a alteração a qualquer momento com
$ gsettings reset org.gnome.nautilus.preferences default-sort-in-reverse-order
ou
$ dconf reset /org/gnome/nautilus/preferences/default-sort-in-reverse-order
Observe que isso se aplica a qualquer ordem de classificação padrão, portanto, por exemplo, se você alterar novamente para classificação por nome que será invertida também - não parece haver uma maneira de especificar a direção da classificação individualmente .