As portas GSATA estavam no modo IDE ou no modo AHCI antes?
Pode ser necessário desinstalar os drivers e reinstalá-los para que o Windows funcione bem com as portas SATA depois de alterá-las para o modo AHCI.
No passado, eu tive problemas com o Windows não jogando bem com uma das minhas portas SATA quando mudei o modo de IDE para AHCI. Eu tive que reinstalar os drivers para essa porta SATA antes que funcionasse bem.