Eu tenho o mesmo problema: clique no ícone, " Configurações ", marque e desmarque " Mostrar ícone na bandeja do sistema ".
(A chave gconf é: /desktop/ibus/panel/show_icon_on_systray
)
Isso é realmente um bug, porque aparece na inicialização enquanto a chave está definida como falsa.
Você pode executar isso em um script, na inicialização, por exemplo:
gconftool --type boolean -s /desktop/ibus/panel/show_icon_on_systray true
gconftool --type boolean -s /desktop/ibus/panel/show_icon_on_systray false