Isso pode ser feito usando a funcionalidade "mesclar pasta" do Nautilus (o navegador de arquivos padrão no Ubuntu).
Basta criar o link simbólico em outro local com o mesmo nome da pasta que deseja substituir e copiá-lo e colá-lo em sua pasta pessoal.
Uma caixa de diálogo aparecerá perguntando se você deseja mesclar as pastas e você deve clicar no botão Mesclar e agora você terá um novo link simbólico com os emblemas de nome e pasta da pasta antiga.
AVISO: No meu teste, isso não parece ser uma verdadeira 'mesclagem' (é mais como um bug útil - embora potencialmente perigoso -), quaisquer arquivos ou subdiretórios no arquivo. pasta que você está substituindo com o link simbólico parece ser excluído (também conhecido, apenas substituir pastas vazias, se você não quer perder arquivos). Prossiga com cuidado!
ATENÇÃO: Além disso, absolutamente não substitui uma pasta que contenha links simbólicos ou seguirá os links simbólicos e recursivamente excluir tudo nos diretórios de destino.
Isso faz o trabalho, mas se alguém souber uma alternativa de linha de comando com os mesmos resultados, eu ficarei muito feliz.