Essa pode não ser a solução mais elegante, mas se você remover itens de inicialização da inicialização de todos os usuários (via msconfig), poderá adicionar atalhos aos itens desejados de volta à pasta de inicialização no menu Iniciar em uma execução. base do usuário. A pasta de inicialização é encontrada em
%appdata%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup