Você provavelmente pode clicar com o botão direito do mouse no prompt de comando e informar "Iniciar" onde quiser. No entanto, apenas digitar format
não faz nada, você teria que dar pelo menos uma letra de unidade (e ser um administrador), e eu duvido que seria capaz de formatar a unidade do sistema.
Você só pode aplicar essa configuração a atalhos de qualquer maneira. Quando você vai para c: \ windows \ system32 que contém o cmd.exe real, você notará que suas propriedades não possuem um "Start in". O executável simplesmente o colocará no diretório de onde você o inicia. O que muda fisicamente quando você manipula as propriedades do atalho é o arquivo .lnk que contém as propriedades do atalho e que você não vê assim.
Quando o CLI coloca você em sua casa, não significa que o atalho tenha que estar lá. Em essência, você tem três coisas:
1) O cmd.exe real no System32.
2) Atalhos, em todos os lugares (desktop, menu iniciar, .....) apontando para isso
3) Seu diretório pessoal.
Ter os atalhos para iniciar o programa com um diretório padrão de sua casa não significa que seja necessário ter um atalho. Isso é apenas a configuração do atalho, que pode ser o que você quiser.