Da Wikipedia:
The (USB3) "SuperSpeed" bus provides a transfer mode at 5.0 Gbit/s additionally to the three existing transfer modes. The raw throughput is 4 Gbit/s, and the specification considers it reasonable to achieve 3.2 Gbit/s (0.4 GB/s or 400 MB/s) or more.
Mesmo assim, é muito mais rápido do que uma única unidade é capaz de gerenciar.
O USB3 também se move de meio dúplex para comunicação full-duplex, de modo que deve melhorar a latência significativamente sobre o USB2.
Meu palpite é que, se você estiver falando de uma única unidade em cada ônibus, não veria muita diferença entre eles. Mas isso é apenas teórico e baseado no meu entendimento limitado de USB.