Resposta curta: Não deveria, provavelmente.
Longa Resposta:
Parte um: o hardware
O que acontece quando você usa o Hibernate é que o seu computador captura uma RAM (Random Access Memory) que contém todos os bits e bits que seu sistema operacional está usando para mostrar seus programas. Salve este e VM (Virtual Memory) em um espaço dedicado no disco rígido do computador e feche tudo . A principal razão pela qual ele salva esses dois é que, no fechamento, a RAM e a VM são liberadas, a RAM fica descarregada porque, se não houver energia, ela não reterá a memória e a VM será liberada pelo sistema operacional. Seu SO usa os dois para armazenar todos os seus aplicativos enquanto eles são apresentados a você e você interage com eles.
Então, falando em hardware, quando você hiberna, todo o hardware é fechado, então não afeta. O hardware vê isso como um fechamento regular.
O problema que você pode ter vem de outro lugar:
Parte dois: o software
Como eu disse na Parte Um, quando o computador é executado, o SO armazena todos os seus aplicativos na RAM e usa isso para interagir com ele. Você sabe que a primeira etapa da solução de problemas é reiniciar o computador correto? Bem, a razão está aí. Se você executar um monte de aplicativos por um longo tempo, eles ficam um dia bagunçados, em algum momento o SO fica bagunçado com o gerenciamento de memória e algumas vezes os aplicativos ficam presos na RAM. Com o tempo, isso causa programas desajeitados e não funcionais. Então adivinhe o que acontece quando toda vez que você reabre seu computador, em vez de começar de novo com a memória limpa para lidar, ele volta para a bagunça que estava ... bem, isso cria mais bagunça. Você não deve ver nada nos primeiros 3-4 dias. Se você executar o Mac OSX, poderá ficar em quase uma semana ou duas. Mas às vezes ou outra, você precisará reiniciar o computador para, pelo menos, limpar a RAM.
E não vamos esquecer, o seu computador irá, na maior parte do tempo, atualizar-se apenas reiniciando, não o fará em hibernação.
Assim, para a resposta longa: pode ser um pouco difícil de lidar, mas não deve danificar fisicamente o seu computador. Tudo o que vai fazer é prejudicar o seu estado mental.
Editar : como alguém apontou lá embaixo, não podemos esquecer que o armazenamento de RAM e VM no seu HDD irá ocupar o lugar, com o windows normalmente por volta de 9-12 Gig. E isso não vai magicamente se limpar quando você acordar, o SO aloca o local para reutilizá-lo depois. Então, se você está com pouca capacidade de disco, cuide do Hibernate