Da maneira que você fez isso, o comando foi executado prematuramente, ou seja, antes do início real da sessão de convidado. Tente isso:
echo 'setxkbmap -layout us' >> $HOME/.profile
Acabei de reescrever o tutorial sobre como personalizar sessões de convidados . Isso pode ajudá-lo a entender melhor.
Editar:
Isso se tornou mais complicado em versões posteriores do Ubuntu. Estas linhas em /etc/guest-session/prefs.sh
funcionam para mim no Ubuntu 15.10:
echo "gsettings set org.gnome.desktop.input-sources sources \"[('xkb', 'se'), ('xkb', 'us')]\"" >> $HOME/.profile
echo "gsettings set org.gnome.desktop.input-sources current 1" >> $HOME/.profile
O valor ('xkb', 'se')
é o padrão do meu sistema (um layout de teclado sueco). Então, basicamente, eu defino uma lista com o padrão do meu sistema e o layout do teclado que quero usar nas sessões convidadas - inglês (EUA). Então eu digo ao sistema para fazer o segundo valor na lista do layout atual do teclado. 0 (zero) teria sido o primeiro valor.