Existem alguns locais de inicialização no Windows.
Na sua pasta de inicialização:
%AppData%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup\
Na pasta de inicialização de todos os usuários (ProgramData)
%ProgramData%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup\
No registro:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
Serviços (via registro):
Não modifique o Registro manualmente, a menos que você saiba o que está fazendo.
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\
Além do acima, verifique o agendador de tarefas (executar taskschd.msc ) e os serviços do Windows (executar services.msc ) - pois ambos podem conter processos (ou tarefas) que começam automaticamente quando você faz o login.
Eu recomendo strongmente usar o Startup Delayer, que é um excelente programa (há uma versão freeware) capaz de editar todos os itens acima com uma interface fácil de usar.
Você pode encontrar o programa aqui: link
OAutoruns é outro ótimo programa para usar e faz parte do conjunto de ferramentas Sysinternals da Microsoft. Está disponível para download aqui: link