Você pode considerar o arquivo de paginação como sendo uma extensão da memória, portanto, os mesmos mecanismos que você esperaria para a memória podem ser aplicados.
Cada página na memória física e virtual está em uso ou não é. Da mesma forma que você não esperaria que o sistema operacional esperasse que uma página não utilizada na memória física contivesse algo significativo, você também não esperaria que considerasse uma página na memória virtual (o arquivo de paginação) como algo útil e acionasse uma "troca".
No tempo de inicialização a frio, toda a memória, real e virtual, é considerada vazia. Assim, uma página de um arquivo de paginação não seria trocada, a menos que, nesta sessão, ela já tenha sido trocada. Esta é a função do gerenciador de memória para saber quais páginas contêm dados e quais processos os possuem.
O objetivo da chave ClearPageFileAtShutdown não é garantir que o arquivo de paginação esteja vazio para que não seja usado inadvertidamente quando não deveria. É garantir que o arquivo de paginação seja zerado para que, se a máquina cair em mãos erradas, o arquivo de paginação não possa ser examinado em busca de informações confidenciais. É uma medida de segurança.