Eu tentaria criar um arquivo .desktop para executar o script e arrastá-lo para o Docky. A maneira mais fácil pode ser:
(1) Arraste um dos seus itens de menu para fora do menu principal e na sua área de trabalho. Isso criará um arquivo .desktop na área de trabalho.
(2) Clique com o botão direito do mouse no ícone e escolha Propriedades.
(3) Altere a linha que começa com Comando para dizer "bash / path / to / your / script".
(4) Selecione Fechar.
(5) Arraste esse ícone para o Docky.
Se clicar com o botão direito do mouse no ícone não aparecer com um editor de propriedades, basta editar no gEdit ou Emacs ou no seu editor de texto favorito.