Você não opera diretamente na camada flash da unidade, você trabalha em uma camada acima do nivelador de desgaste, portanto, os dois casos mencionados são funcionalmente os mesmos.
Se for um disco novo e você tiver certeza de que nunca foi usado, os dois casos serão idênticos.
Se você tiver usado a unidade totalmente particionada, não será possível garantir onde o sistema operacional será alocado na unidade; nesse caso, continuar usando uma partição completa seria melhor, pois o sistema operacional pode emitir TRIM
comandos para limpar o espaço vazio.
TRIM
dizem especificamente ao wear leveler quais blocos foram deixados vazios e podem ajudar o drive a fazer escolhas inteligentes sobre onde e o que mover para que o sistema operacional deixe absolutamente claro quais blocos podem ser apagados sem conseqüência melhor as coisas a longo prazo, especialmente se você alocou e usou o espaço e depois apagou a partição.
Eu postei mais na Camada de Transição Flash aqui .