Vários pontos: -
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PATHnão será atualizado até que a funçãocondaseja realmente chamada. -
PATHserá atualizado em todas ascondachamadas, aumentando aPATH. - Sua chamada para o binário
condacontém referências de diretório e, portanto, não usaPATH, então por que tentar atualizá-lo?
Se você fizer precisar atualizar PATH , verifique se é necessário, dando algo como:
CONDA=~/miniconda2
[ ${PATH#*$CONDA/bin} == $PATH ] && export PATH=$CONDA/bin:$PATH
conda () { $CONDA/bin/conda $@; }
Em outras palavras, execute os comandos de configuração do ambiente antes da declaração conda() , em vez de dentro dela.