O Ubuntu não faz nada além das verificações normais do sistema de arquivos ao se recuperar de uma falha. Se você está vendo mudanças nas configurações, talvez o sistema de arquivos não esteja lidando com falhas muito bem (em uma falha, ele apenas executará um fsck padrão). Tente identificar quais arquivos estão sendo alterados e estão causando o problema. (Quais comandos você executa para salvar as configurações, etc?)
Se este é um sistema de exibição público, você pode querer investigar o hardware de substituição (travar a cada poucas horas soa como um problema mais sério), ou verificar se o que você está exibindo não está vazando memória e disparando o Out-Of-Memory killer . (Fique de olho na saída de free entre a reinicialização e a falha.)