Pode haver várias coisas - sobre o uso do controlador USB, tamanho do arquivo / vários arquivos, problemas de fornecimento de energia, configuração de partições e a lista continua.
A primeira coisa que eu vejo é a configuração da partição, que por sua vez se relaciona com o tamanho do arquivo e / ou vários problemas de arquivo. Se o disco rígido externo estiver formatado como FAT ou FAT32, pare agora, reformate o disco rígido como NTFS (obviamente, isso limpa a unidade, portanto, faça o backup primeiro, se necessário) e inicie a transferência novamente. FAT32 tem restrições de tamanho de arquivo de 4GB, qualquer coisa maior (por exemplo, um rip de filme de 1080p, DVD ISO etc) e a velocidade de transferência vai cair e, eventualmente, nada vai acontecer. Situação semelhante com vários arquivos, USB é serial, o que significa "in-line", por isso, se você tem 5 transferências indo de uma só vez, o "bus" irá abrandar. 1 cópia = velocidade máxima, 2 cópias = metade da velocidade, 3 cópias = velocidade do quarto, 4 cópias = velocidade 1/8 e assim por diante.
Desconecte outros dispositivos USB (desnecessários) durante a transferência. Cada dispositivo, a menos que seja alimentado externamente, recebe + 5v do controlador USB e da fonte de alimentação dos computadores. Muitos dispositivos USB e coisas ficam instáveis. Da mesma forma, se a fonte de alimentação do computador não for muito boa. Ondulações DC ou flutuações de tensão causam instabilidade e comportamento errático ... não apenas no USB (que é a placa principal), mas em quase tudo. Isso torna a detecção de falhas muito difícil. Ainda mais se o computador for um laptop.
EDIT: Eu perdi uma parte da sua postagem original - a parte sobre a inicialização de um Live CD do Linux porque o Windows não inicializa ...
Em qual parte do processo de inicialização ele chega? É BSOD ou redefinir ou congelar?
É improvável que seja fragmentação. E eu não tenho certeza se talvez o Linux Live CD tem limitações de USB (rodando a toda velocidade (12Mb / s) ao invés de Hi-speed (400Mb / s)) ... mas pelos sons, eu estaria colocando meu dinheiro em setores defeituosos no disco rígido SATA.
Eu sei que você precisa fazer backup de todos os dados que puder enquanto a unidade ainda estiver ativa, compre se você puder colocar as mãos em um disco de diagnóstico do disco rígido (dependente do fabricante do disco rígido suspeito) ou usar o Ultimate Boot CD - que tem a maioria das ferramentas de diagnóstico do HDD ( link ) e executa um teste de diagnóstico completo, você provavelmente encontrará vários setores defeituosos . Estas são partes físicas do disco que não podem mais ser lidas (corretamente) e uma boa indicação de falha iminente e irreparável do disco rígido.
Se for esse o caso, talvez você tenha que ficar satisfeito em conseguir o que puder.
Dito isto, não há como saber onde estão os setores defeituosos no disco rígido e quais dados são afetados. Assim, você pode obter mais dados fazendo drill-through na estrutura de diretórios e fazendo pasta por pasta (em vez de tentar copiar todo o lote de uma só vez). Se ele parar em uma pasta, faça isso e faça a subpasta por subpasta (ou arquivo por arquivo) até ter trabalhado com os dados incorretos. Infelizmente não há nada que você possa fazer sobre os dados afetados por um setor ruim.
Deixe-me saber se você precisa de mais ajuda ou esclarecimento.