Como o MATE é uma bifurcação do GNOME2 e a maioria de seus componentes é simplesmente o antigo GNOME2 com seus nomes alterados, estou assumindo que mate-panel-add funciona da mesma forma que gnome-panel-add costumava. Você precisa fazer algo nos moldes de:
/usr/lib/gnome-panel/mate-panel-add --applet=OAFIID:MATE_DockBarXApplet --panel=top_panel_screen0 --position=500
Onde o valor de --panel= é um dos painéis encontrados em mateconf encontrado com algo como:
mateconftool-2 --all-dirs /apps/panel/toplevels
O identificador --applet pode ser encontrado no diretório /usr/lib/matecomponent/servers/ . Neste caso em particular, no arquivo MATE_DockBarXApplet.server .