Assumindo que é uma placa-mãe moderna e você está pedindo para eu inicializar a partir de qualquer um, a resposta é SIM. O que depende primeiro de quanta flexibilidade sua configuração de BIOS oferece. Você deve ser capaz de escolher o HD de inicialização, independentemente do tipo, mas você terá que explorar um pouco as opções de configuração de inicialização do BIOS.