link parece ser um conversor de vídeo. É provável que tenha um modo de "pré-visualização" do filme que lide com o seu arquivo mkv.
Mas não é feito para ser um player de filmes.
A conversão de um arquivo em outro formato não faz sentido para mim.
Parece-me que a coisa mais simples a fazer seria instalar um codec.
Se você não quiser instalar um codec, use um player que lide com o tipo de arquivo necessário sem instalar um codec. Pensaria que o VLC ou o MPLayer fariam isso.
Veja, Veja um WMV parcial - parcialmente baixado no emule? .