Se o processo de clonagem for bem-sucedido, você poderá inicializar a partir da nova unidade, e o Spotlight (e o Time Machine, se estiver em uso) funcionarão bem, não deve haver nada que você precise limpar do processo.
Parafusar em uma cópia será catastrófico e você notará imediatamente, ou menor (como corrupção de um documento) que você não notará, a menos que você abra e verifique praticamente todos os arquivos no disco rígido.
Se você usou o novo disco por alguns dias e o sistema não está agindo de forma estranha, eu diria que você está pronto.