Você precisa de um MBR 512 bytes, tabela FAT, tabela FAT de backup, primeiro setor da partição é o diretório raiz e, em seguida, armazenamento. Cada um requer 512 bytes. A tabela FAT16 FAT pode conter 256 clusters / setores, portanto, se você precisar de mais do que isso, precisará de mais setores na tabela FAT.
1 MBR
2 FAT
3 Backup FAT
4 Root directory partition 1
5 512 bytes storage
6 512 bytes storage
Portanto, um mínimo de 6 setores usando FAT16 e mais alguns para o FAT32.
Se você emular a tabela FAT e o FAT de backup, você provavelmente conseguirá cerca de 20 bytes cada. (Você apenas informaria o restante do FAT como todos os zeros.) Os outros setores seriam difíceis de reduzir.
Eu recomendo pelo menos 10k ou 20 setores para que você tenha alguma margem de manobra no caso de seu arquivo ficar maior ao longo do tempo.