Esta consulta JQL filtra os problemas do tipo "História" e "Tarefa" que não têm nenhum épico ligado a eles ou que têm um épico ligado e o estado do épico está em "em progresso". É isso que você está procurando JQL sábio?
issuetype in (Story,Task) AND "Epic Link" IS (EMPTY) OR ("Epic Link" IS NOT (EMPTY) AND "Epic Status" IS (in progress))