Como agora você tem um sistema dual-boot, então eu recomendo que você NÃO REMOVA APENAS A Partição UBUNTU, pois você não poderá inicializar o Windows porque as informações apontadas pelo MBR serão removidas. Como você cutucou seu MBR, acho que você deve seguir ESTES passos:
1) Inicializando a partir dos CDs ao vivo do Ubuntu.
2) Ativando repositórios do universo - inicie o System- > Administration- > Software Sources e verifique o "Software mantido pela comunidade Open Source (universo)"
3) Instalando o pacote "ms-sys" - clique em Aplicativos- > Acessórios- > Terminal e digite "sudo apt-get update" e depois "sudo apt-get instala ms-sys".
4) Finalmente restaure o registro de inicialização mestre do Windows digitando o comando "ms-sys -w / dev / [unidade]", em que [unidade] é o disco rígido cujo registro mestre de inicialização do Windows você deseja restaurar. Você pode descobrir qual é o lançamento do gparted (System- > Administration- > GNOME Partition Editor) e percorrer as unidades disponíveis até encontrar sua partição do Windows.
NOTA: VOCÊ PODE USAR O UBUNTU LIVE CD PARA RESTAURAR O MBR.
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