A ferramenta a ser usada chama-se wkhtmltopdf, esta ferramenta está nos repositórios, mas todas as versões compiladas do repositório não possuem a funcionalidade de link embutido devido às mudanças em algumas bibliotecas qt.
Então, instale o wkhtmltopdf nos repositórios para obter todas as dependências:
sudo apt-get install wkhtmltopdf
Em seguida, faça o download do versão estática daqui. Descompacte o arquivo em sua área de trabalho e, em seguida, mova para bin:
sudo mv Desktop/wkhtmltopdf-i386 /usr/bin/wkhtmltopdf-static
Agora você pode usar a ferramenta para gerar arquivos PDF com links:
wkhtmltopdf-static http://google.com google.pdf
Para seus sites com o requisito de login, você precisa fazer login via firefox e, em seguida, exportar o arquivo de cookie usando o Exportar cookies plugin do firefox. Com um cookies.txt, você pode executar:
wkhtmltopdf-static --cookie-jar cookies.txt http://google.com google.pdf
Eu sei que muitas dessas necessidades precisam ser feitas na linha de comando, mas é a melhor maneira de fazer isso e você tem muito mais controle. O wkhtmltopdf é uma ferramenta bastante poderosa.