No seu arquivo bat / cmd use runas
runas /savecred /profile /user:Administrator YourBackupScript.cmd
Você pode redefinir a associação de arquivos bat criando um arquivo com a extensão .reg
e executá-lo ultimamente com o seguinte conteúdo
Windows Registry Editor Version 5.00
[-HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\FileExts\.bat]
[-HKEY_CURRENT_USER\Software\Classes\.bat]
[-HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Classes\batfile]
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Classes\.bat]
@="batfile"
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Classes\batfile\shell\open\command]
@="\"%1\" %*"
ou tente simplesmente usar a extensão .cmd
em vez de .bat