Um controlador de armazenamento, como você está descrevendo, é um dispositivo PCI ou PCIe, portanto, o número máximo, tipo e firmware do dispositivo PCI / e em dispositivos controlará o número máximo de unidades que você pode usar com o sistema. O outro fator limitante físico será a fonte de alimentação que você precisará para alimentar cada unidade.
Basta uma breve olhada em newegg.com Estou vendo placas PCIe X1 com 4 portas SATA. Assim, supondo que o seu sistema tenha 4 slots PCIe e vídeo integrado, você está olhando para 16 unidades mais as portas que a sua placa-mãe tem. Eu não sei como "multiplicadores de porta" funcionam, mas supostamente você pode usá-los em placas compatíveis para dividir uma porta entre 15 unidades, dividindo a largura de banda SATA entre elas se você quiser ficar realmente louco.
Os dispositivos PCI / e conectam-se ao BIOS por meio de uma opção ROM. Em alguns BIOSes / firmwares você pode dizer ao BIOS / firmware para ignorar qualquer opção específica ou ROMs na inicialização, você pode precisar fazer isso com vários cartões de armazenamento se surgirem problemas.
Além disso, o BIOS / firmware não se importa. Isso não quer dizer que você não vai encontrar um BIOS ou firmware com problemas que não tenha problemas. Boa sorte.
I have a hard time piecing the BIOS, chip-set, IRQ, and all other factors together.
O ISA está morto. Definir jumpers de IRQ em dispositivos não é relevante em PCs há muito tempo.
O chipset da placa-mãe terá um controlador de armazenamento embutido, ou permitirá o acesso a um na placa-mãe, mas internamente ele parece e funciona como um dispositivo PCI / PCIe, então não é necessário configurá-lo além do boot opções na BIOS.