Linux e BSD são dois sistemas operacionais totalmente diferentes. O BSD é uma variante licenciada do UNIX, enquanto o Linux foi desenvolvido de forma independente, mas feito para ter uma sensação do UNIX.
Seus problemas provavelmente não são baseados na distribuição, mas talvez um problema de hardware. Eu suspeito de memória e você provavelmente deve executar Memtest86 para ter certeza.
Eu tive um problema semelhante recentemente. Eu tenho um PC mediacenter que estava executando o Linux e foi bastante estável. Ele trancou algumas vezes, mas eu não pensei muito sobre isso. Eu fui instalar o Windows e não consegui passar pela tela de instalação. Isso é muito comum com memória ruim. Eu corri o Memtest86 e vi memória ruim.