Este é um problema conhecido há algum tempo.
O MS tentou consertá-lo para o Windows 7 com esse hotfix:
O arquivo que um usuário adiciona a uma pasta remota não é exibido no Windows Explorer em um computador executando o Windows 7
Mas esse hotfix nunca funcionou para mim e também tenho isso no Win8. A única solução que realmente funciona é criar uma pasta temporária no compartilhamento e excluir a pasta novamente.