Resposta curta: todo arquivo EXE começa com um executável do DOS.
Resposta longa:
The MS-DOS Header
Every PE file begins with a small MS-DOS® executable. The need for this stub executable arose in the early days of Windows, before a significant number of consumers were running it. When executed on a machine without Windows, the program could at least print out a message saying that Windows was required to run the executable.
Ref: edição de fevereiro de 2002 da MSDN Magazine Por dentro do Windows - Um exame detalhado do executável portátil Win32 Formato de arquivo
O carregador de programas do Windows apenas ignora esse stub. O DOS carrega e executa como qualquer outro executável do DOS.