Eu resolvi esse problema alterando a string "-GtkMenu-vertical-padding: 0;" em "-GtkMenu-vertical-padding: 1px;" no arquivo "/usr/share/themes/Mint-X/gtk-3.0/gtk-widgets.css". Isso fez um preenchimento para o item mais importante no menu pop-up para o tema "Mint-X".
Então, quando eu recarregar o sistema e mudar meu tema para "Mint-X", não é possível acidentalmente ativar qualquer item de menu porque existe um padding para o item de menu: -)
Mas a melhor maneira é fazer o seu próprio tema, é claro.