Eu tive o mesmo problema com o meu sistema Ubuntu 10.04. Eu não tenho certeza, mas eu acho que é um bug em um dos plugins do Compiz.
Consegui resolver isso desabilitando o plug-in de Acessibilidade "Enhanced Zoom Desktop" no Gerenciador de configurações do CompizConfig (Sistema - > Preferências - > Gerenciador de configurações do CompizConfig). Se não estiver instalado em seu sistema, você deverá instalar manualmente o pacote compizconfig-settings-manager.