Eu nunca experimentei algo assim e não consigo descobrir de onde ele pode vir, mas aqui estão algumas sugestões:
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Primeiro, os arquivos de configuração de cada usuário e perfil são, de fato, armazenados em ~ / .Skype /. Talvez você possa dar uma olhada lá.
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Após o backup, tente apagar sua conta local (em ~ / .Skype /) e veja se o mesmo comportamento acontece com uma nova conta.
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Além disso, como você conseguiu identificar que foi o Skype tocando o som? Não pode ser outra aplicação?
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Verifique se você não tem outra sessão oculta do Skype sendo executada em segundo plano e produzindo os sons. Um simples "ps ax | grep skype" será suficiente para contar.
P.S .: Como uma observação geral, parece cada vez mais óbvio que o Skype para Linux está morto e não será mantido. Portanto, bugs e incompatibilidades com as versões windows / mac aumentarão com o tempo.