Se você quiser apenas evitar danos à partição do Windows, pode simplesmente desmontá-la.
Se você quiser ser capaz de capturar instantaneamente a partição do Ubuntu (ou Windows), o comando dd pode fazer isso com pouco barulho.
dd if=/dev/sda1 of=file.img
dd if=file.img of=/dev/sda1
CUIDADO: O comando dd deve ser executado somente em partições desmontadas. Você pode executá-lo a partir do CD do Ubuntu, se você precisar da partição do ubuntu desmontada.