A menos que você esteja falando sobre como escrever um driver de dispositivo, o manuseio de arquivos é o mesmo para uma unidade flash como um disco rígido, porque o sistema operacional e o sistema de arquivos abstraíram todos os detalhes de baixo nível. Tudo o que você precisa se preocupar é abrir um arquivo e ler ou escrever a partir dele.
Mesmo em um nível baixo, qualquer dispositivo geralmente teria um endereço e alguns bytes para gravar (ou um endereço para ler). Os discos rígidos lidam internamente com a conversão de endereço para cilindro, trilha, setor etc.