Se você quiser colocar apenas duas palavras, você pode usar caracteres curinga como este
Localizar: (word1) (*) (word2)
Substituir: \ 3 \ 2 \ 1
Certifique-se de marcar a opção "Usar curingas" em Mais.
Se, no entanto, você quiser alterar todas as ocorrências de word1 para word2 e vice-versa, use a abordagem sugerida por Slink84.