Eu experimentei os mesmos problemas. Surpreendentemente, o Touch ID funciona na distribuição de tela GNU da Apple e, depois de analisar sua implementação, parece que screen é anexado ao namespace por sessão do usuário, em vez do namespace por usuário.
As seguintes correções transportam esta abordagem para tmux e reattach-to-user-namespace e corrigem o problema para mim:
EDITAR: Como esses patches causaram alguns problemas técnicos (conforme explicado na solicitação pull), resolvi o problema usando um módulo PAM personalizado para reconectar ao namespace por sessão do usuário antes de executar o pam_tid module: link