Você não está desligando a VM. Você está arrancando o cabo de força, por assim dizer. Os resultados são os mesmos que após a perda de energia - se o sistema operacional não liberar algumas modificações no "disco", elas serão perdidas e o sistema de arquivos possivelmente corrompido.
Sempre use o comando "shutdown" do sistema operacional convidado e aguarde até que a VM libere gravações pendentes, encerre os serviços e, por fim, a janela seja fechada sozinha.
Como alternativa, use o comando system_powerdown do monitor Qemu, que simula um pressionamento de botão liga / desliga e fará com que a VM inicie o processo de desligamento normal. (O monitor Qemu pode ser ativado usando -monitor stdio .)