Eu estava procurando uma solução para fazer algo semelhante - instalei um aplicativo da fonte e queria disponibilizá-lo no menu "Exibir aplicativos". Encontrou uma maneira de fazer isso executando um grep para o nome de uma das aplicações já mostradas naquele menu.
Então,
O diretório obscuro que você está procurando seria: /usr/share/applications .
Dê uma olhada nos arquivos *.desktop , escolha um que não tenha muito conteúdo, copie-o para um novo arquivo .desktop e edite para refletir seu aplicativo.
HTH ...
Uma coisa que eu não ainda sei como fazer é disponibilizar a opção "Adicionar aos Favoritos" ...
ps. Uma vez que conheço a solução, reformulando a questão, consegui encontrar esse segmento que fornece mais algumas soluções para uma pergunta semelhante: link