Use folder: em vez disso.
Por exemplo, folder: .git irá procurar todos os diretórios que possuem .git neles.
Ele ainda encontrará arquivos dentro deles.
Se você realmente quer apenas pastas, use kind: folders ".git"
Observe como a pasta: fica azul, indicando que é um filtro que funcionará.
Isso é testado para funcionar no Windows 10. Como você não mencionou qual SO está usando, vou assumir que você usa o mais recente neste momento, que é o Windows 10, mas provavelmente funciona em versões anteriores também .