Inspecionei o código-fonte do Notepad ++ 7.5.1 (por exemplo, em seu repositório GitHub, consulte o arquivo master/PowerEditor/src/Notepad_plus.cpp na linha 3430 e depois) e parece que o Notepad ++ foi projetado para ter sempre pelo menos um documento abrir. No código, você pode ver que, mesmo que o último documento não vazio seja fechado, ele é imediatamente substituído por um novo documento.
Você pode modificar esse comportamento reescrevendo o código-fonte do Notepad ++ de acordo com as suas necessidades e criou sua compilação personalizada, mas duvido que seja uma tarefa fácil, pois o comportamento acima é mais provável por um motivo, por exemplo, pode ser necessário fazer muito mais verificações em vários métodos de edição de texto se houver a possibilidade de nenhum documento estar aberto.
So tl; dr : No Notepad ++ você deve sempre ter pelo menos um documento aberto.
Se você realmente deseja encontrar um editor que permita fechar todos os documentos, tente pesquisar / pedir, por exemplo, no site Stack de Recomendações de Software para obter uma recomendação para uma alternativa.