Aqui está uma macro que eu escrevi que faz o que você quer. Já assume duas listas ordenadas. Modifique para ajustar suas colunas, exclua o que você não precisa e, possivelmente, adicione uma função de classificação no começo. Aproveite!
Sub compareCheckNumbers()
'Macro1 Macro
'compare os números dos cheques e exclua se a linha estiver correspondendo
rowNum = 3
Do
If (Range("C" & rowNum).Value > Range("L" & rowNum).Value) Then
'shift down first set
Range("A" & rowNum & ":G" & rowNum).Select
Selection.Insert Shift:=xlDown, CopyOrigin:=xlFormatFromLeftOrAbove
ElseIf (Range("C" & rowNum).Value < Range("L" & rowNum).Value) Then
'else shift down second set
Range("J" & rowNum & ":P" & rowNum).Select
Selection.Insert Shift:=xlDown, CopyOrigin:=xlFormatFromLeftOrAbove
ElseIf (Range("C" & rowNum).Value = Range("L" & rowNum).Value And Range("D" & rowNum).Value = Range("M" & rowNum).Value And Range("F" & rowNum).Value = Range("O" & rowNum).Value) Then
'delete outstanding data if matching
Range("A" & rowNum & ":G" & rowNum).Select
Selection.ClearContents
End If
rowNum = rowNum + 1
Loop While (Range("C" & rowNum).Value <> "")
End Sub