Isso é algo que é controlado pelo firmware da unidade, por isso não é possível para o sistema operacional controlá-lo diretamente. O tempo de inatividade varia de acordo com a forma como o disco é comercializado (por exemplo, os discos NAS terão um limite de tempo de inatividade mais alto, acredito). É algo a ser observado, já que cada unidade é classificada para um determinado número de cargas / descargas de cabeçotes para que você possa exceder rapidamente esse valor se o tempo ocioso não se adequar ao seu caso de uso.
Um problema como este ocorreu com o WD Green Power Drives:
The problem is this: The Green Power is designed and marketed as a "green" drive, where power efficiency is the primary engineering concern. As part of this concern, the drive is designed to unload the read/write heads after approximately 8 seconds of inactivity. That in itself is not a bad thing — in fact, it's a common attribute of notebook drives, which have different reasons for saving power (battery life). However, certain software (notably, SpeedFan and some distributions of Linux) can cause issues because they access the drive regularly every 10 seconds or every minute or so. This causes a cycle of rapid loading and unloading that is stressful to the drive — far more stressful than "ordinary" use in which the drive is either working steadily or completely idle. http://www.silentpcreview.com/Terabyte_Drive_Fix
Dependendo do fabricante (o qual você não indica), você pode achar que eles têm um utilitário para alterar algumas configurações de baixo nível, como o tempo ocioso antes que o HDD durma. A WD com certeza tem um software como esse, e eu ficaria surpreso se outros fabricantes não o fizessem.