O equivalente do Prompt de Comando de um atalho em um determinado sistema (não entre os diferentes) é:
cd /d <Start in>
<Target>
Onde << Comece em > e < Target > são aqueles que você pode observar na sua captura de tela. No seu exemplo, é:
cd /d "C:\Bethesda Softworks\Oblivion\Mopy"
"C:\Bethesda Softworks\Oblivion\Mopy\Wyre Bash Launcher.pyw"
O sistema de associação de arquivos desempenha um papel direto. Neste exemplo, o banco de dados de associação de arquivos é consultado, para que o Windows saiba qual aplicativo manipula os arquivos .pyw.
Mas é até que ponto posso responder à sua pergunta sem dados adicionais.
Esta resposta é testada no Windows 10. (vejo que você não marcou sua resposta para nenhuma versão específica do Windows, mas sua captura de tela é do Windows 7. Vamos esperar que as coisas sejam as mesmas lá.)