Você percebe que há um comando certbot renew (ou certbot-auto renew ) , certo? Também parece que você está usando uma versão desatualizada - o comando não é mais chamado de letsencrypt . Todo o sistema foi projetado para ser automatizado desde o início.
Basicamente, você quer algo como:
certbot renew --post-hook "/root/mail-cert.sh"
Veja alguns exemplos de como anexar um arquivo .
Também acho difícil acreditar que você tenha algum tipo de espaço da web em que possa executar certbot , mas não instalar os certificados.