Na minha opinião, a melhor escolha seria a opção --update no rsync.
rsync --help | grep update
-u, --update ignora arquivos que são mais recentes no receptor
Além disso, a opção --partial é útil nesses casos.
- parcial
Por padrão, o rsync excluirá qualquer arquivo parcialmente transferido se a transferência for interrompida. Em algumas circunstâncias, é mais desejável manter arquivos parcialmente transferidos. Usando o --partial opção diz rsync para manter o arquivo parcial que deve fazer um transferência subseqüente do resto do arquivo muito mais rápido.
Eu usaria --partial e --update juntos.